Парацельс рассматривал жизнь как определенный химический процесс, течение которого зависит от состава участвующих в нем веществ. Заболевание, по его мнению, наступает при отсутствии необходимых веществ, поэтому сущность лечения состоит во введении в организм недостающих химических веществ. Если природа, говорил он, произвела на свет болезнь, то она там же заготовила средство, исцеляющее от этой болезни, которое надо только разыскать. Поэтому он выступал против применения иноземных растений. Парацельс указывал, что действует не все растение, а лишь заключенное в нем особое вещество. Цель врача — получение этого вещества в возможно более чистом виде. Он усовершенствовал методы извлечения из растений действующих веществ, но в чистом виде получить их Парацельсу и его ученикам не удалось.

В выборе лекарственных растений Парацельс придерживался возникшего еще в древности учения о сигнатурах. Согласно этому учению, признаки внешнего вида растения (цвет, форма, запах, вкус, колючки) указывают на заболевание, при котором его следует применять. Так, если какой-либо орган растения имел форму округлую, либо завитка (полынь, кровохлебка), то они считались средством от головной боли; растения с узкими нитевидными листьями (спаржа и укроп) — средством, укрепляющим волосы; цветки розы, маргаритки, напоминающие по форме глаз, — средством от глазных заболеваний; крапиву же употребляли как прекрасное снадобье от колотий.